W przypadku wykorzystania więcej niż 1 jednostki AMR, zarządzanie flotą jest koniecznym komponentem systemu Autonomy@Work. Modułem wewnętrznym FM jest Multi Robot System, który zapewnia bezkolizyjność i poprawną pracę wielu jednostek. Umożliwia także zarządzanie nimi z poziomu aplikacji WebApp – możliwa jest m.in. konfiguracja floty jednostek, parametryzacja procesu lub podgląd bieżących zadań i statusów wielu pracujących jednostek autonomicznych.

Oprogramowanie umożliwia użytkownikowi samodzielną i zupełnie dowolną konfigurację, zmianę tras i punktów zdawczo-odbiorczych robota. Celem symulacji jest optymalizacja procesu. Przy użyciu specjalistycznego oprogramowania oraz przy uwzględnieniu liczby zastosowanych robotów, dokonuje się wyznaczenia maksymalnej efektywności ze względu na liczbę wykonywanych zleceń.

Takie działanie pozwala na otrzymanie konkretnych informacji w czasie na temat liczby wykonanych zleceń, wydajności procesu, przewidywanego czasu ładowania, oczekiwania robota oraz wystąpień zleceń dodatkowych.